随着人类活动和现代工业的农田发展，未受影响的土壤土壤越来越少，农田土壤环境质量监测取样就是质量收集造成土壤污染的毒性、稳定性及农业生产的环境排污、污灌、监测化肥农药用量情况等进行监测取样。取样按照土壤环境质量标准，农田主要是土壤对六六六、滴滴涕、质量砷、环境硫、监测汞、取样铬、农田铜、土壤锌、质量镍、铅、氮、磷等土壤质量进行测定。
一、选择监测点
(一)布点数量
土壤质量环境监测布点依据调查目的、调查精度和调查区域环境状况等因素确定，对于有纠纷的污染土壤要增加取样点，一般每个监测单元至少选择3个取样点，可用1～5个点/hm2，绿色食品要依照《绿色食品产地环境质量现状评价纲要》来取样，一般土壤取样要依据实际情况自行确定。
(二)布点原则和方法
区域土壤监测点布点原则和方法是在调查区域范围内或附近，相对未受污染，母质和土壤及农作历史与调查区域相似的土壤样点。农田土壤监测点布点原则和方法是在人类经常活动产生的污染物进入土壤并累积到一定程度，引起土壤质量恶化的土壤样点。大气污染型土壤监测点是以大气污染源为中心，采取放射状布点，布点范围由密到疏，在下风方向增加布点的距离和数量。
灌溉水污染型土壤，从入污口由密到疏取样，布点密度从入污口由密到稀，各个引水段相对均匀。固体废物堆污染型土壤按固体废弃物引出的径流和当地常年的风向，采用放射法或带状法布点取样；农用化学物质污染土壤采用均匀取样；综合型污染土壤，结合实际情况，采用放射布点法、带状布点法、均匀布点法取样。
二、样品采集
(一)采样准备
在采集样品前要准备采样器具，包括采样工具、器材、文具及安全防护用品等。
(二)组织准备
组织有一定野外调查经验、熟悉采样技术规程、有责任的人组织调查组，采样要进行1次以上的采样有关业务工作方案。
(三)技术准备
技术准备主要有位置(工作范围)图，样点分布包括编号、位置、土类、母质母岩等，还有交通图、地质图、土壤图、采样记录表等。
(四)现场勘探，确定采样
位置图受到干扰时，应适当修正；采样点要距离铁路或公路300 m以上；不能在住宅、沟渠、路旁、粪堆或废物堆上取样，应在自然环境良好，地势较为平坦，各种因素稳定且具有代表性的土壤上进行取样。采样点一经确定应标记，作为监控点并长期监控用。
(五)采集样品
一般取土壤的耕作层作为样品，种植农作物的土壤取样在0～20 cm，种植果类的土壤取样在0～60 cm，依据农作物根茎的深度进行土壤取样。为了保证土壤取样的代表性，并减少取样误差，一般采用综合取样，每个土壤单元为200 m×200 m，每个单元取3～7个点，取样方法可以采用对角线法、梅花点法、棋盘式法、蛇形法等。土壤剖面点不宜选在土类母质交错分布的边缘地带或剖面受到破坏的地方，剖面宽为1 m，深1～2 m，也可根据土壤的情况而定，久耕取样为1 m，新耕取样为2 m，果林地取样为1.5～2 m；盐碱地水位较高，取样到地下水位；山地土壤风化壳较薄，取样至风化层。
三、污染土壤监测取样
污染土壤具有不可预测性，发现污染或接到举报后，要立即组织监测人员进行现场调查和观察，取证污染土壤的时间，根据污染物和污染土壤确定监测项目，尤其把特征污染物确定为重点监测对象。根据污染物的气味、颜色、污渍以及污染物的流向等确定污染范围。如果抛洒固体污染物，等打扫污染物后采集表层土壤5 cm土样，采集3～5个样点；若是倾翻液体污染物，根据污染物的流向确定采样点，每个污染点可以分层采样，离污染源近的可多采样，离污染源远的可少采样，采样点总数不少于5个；若是爆炸型污染，以爆炸放射源为中心，取土壤0～20 cm，取样点为5个以上，在爆炸中心采取分层取样。事故监测点要设定2～3个背景对照点，每个点取1 kg土样装入样品袋，若是易挥发、易腐蚀的要进行瓶装；若是有机物，要在低温下进行保存，送至分析室进行鉴定。
四、采集样品的运送
现场采集样品必须在样品登记表上进行逐项登记，核对无误后进行装箱。在运输前必须在样品上标注标签，防止混淆、损失和污染，有光敏性的物质要进行避光包装。样品采取时由专人进行采集，并由专人进行运输，最后由专人转交实验室。实验室在接收样品时，要按照样品标签和样品登记表进行逐一核对，确认无误后，在样品交接单上签字确认，样品交接单由双方各备存1份。
五、样品制备
样品制备工作室分为风干室和磨样室，风干室要求朝南，通风条件好，无尘、整洁，没有挥发性物质。磨样室分为粗磨和细磨。粗磨是将样品倒在玻璃板上，用木锤敲打，用木棒、玻璃棒等进行压碎，拣出杂质，混匀，用尼龙筛进行过滤，将过滤后的样品搅拌混匀，分2份，1份作试验用，1份备存。粗磨可以测出土壤中pH值、阳离子交换量和元素有效态含量等。
细磨是将样品敲打、压碎后，1份过孔径0.25 mm(60目)筛，主要分析土壤中的农药、有机质和含氮量等；1份过孔径0.15 mm(100目)筛，主要分析土壤中的元素质量分数。研磨均匀后的样品，分别装样品袋和样品瓶，贴上土壤标签各1份，瓶内外和袋内外各1份。常规制样方法是将土壤样品自然风干，除去沙砾和根系杂物等，过2 mm筛子，直径>2 mm的土团再进行研磨，再过2 mm筛子，记录下未过筛子土团的质量。筛过的样品混匀，称取质量，1份备存(200 g)，其余送到实验室，分成2份，1份研磨到0.25 mm进行样品测定，1份研磨到0.15 mm进行样品测定。
六、样品保存
样品要按名称、编号和粒径分类。对于易挥发或物理性质不稳定的样品要尽快送到实验室，采集新鲜样品后要在4 ℃以下避光玻璃或聚乙烯容器中保存，瓶子要装满样品并密封；预留样品要进行登记造册保存。用剩的样品，待检测数据报出后，移交样品库保存；分析用剩的样品一般保存半年，预留样品保存2年，特殊、珍贵或异议的样品要永久保存。
对于新鲜样品库要求通风、干燥，没有阳光直射，无污染，要定期对样品进行检查，防止鼠害和标签脱落，拣出霉变。检测金属，如汞、铬、砷，氰化物可以用聚乙烯和玻璃容器保存；挥发性、半挥发性和难挥发性的有机物可以用棕色玻璃容器保存。对于上述物质保存要在4 ℃以下，金属砷保存时间为180 d，汞保存时间为28 d，六价铬保存时间为1 d，氰化物保存时间为2 d，挥发性有机物保存时间为7 d，半挥发性有机物保存时间为10 d，难挥发性有机物保存时间为14 d；挥发性有机物和半挥发性有机物用瓶装且要密封保存。
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